早期历史
霍格沃茨学院是公元990年左右创办的。
创办者是当时最伟大的四位巫师:
戈德里克·格兰芬多、
萨拉查·斯莱特林、
罗伊纳·拉文克劳、
赫尔加·赫奇帕奇。
学校的四个学院就是以他们的名字命名的。
他们建立学校，远离麻瓜们窥视的目光，因为，在当时那个年代，麻瓜们畏惧魔法，很多男女巫师都遭到迫害。
他们每个人都有自己的个性，并在挑选学生时展现出来。
可是，慢慢地，他们之间就有了分歧。
萨拉查·斯莱特林就血统成分的问题，和另外三人发生了分歧。
萨拉查·斯莱特林只希望招收纯血统的学生。
不久后，萨拉查·斯莱特林和戈德里克·格兰芬多因为这个问题，发生了一次激烈的争吵。
后来萨拉查·斯莱特林便离开了学校。
离校前，萨拉查·斯莱特林在城堡里建了一个密室，其他创办者对此一无所知。
他预言，一旦他们到达学校，只有他自己的继承人才能打开它，并且继承人会释放一只住在里面的凶残的蛇怪，以清除学校所有麻瓜出身的学生。
中期历史
在学校创办了大约三百年之后，在欧洲三所最有名望的魔法学校之间，开始了三强争霸赛:
霍格沃茨魔法学校、
布斯巴顿魔法学校
和 德姆斯特朗魔法学校。
这比赛被认为是不同国籍的巫师相互交流切磋的最佳方式。
比赛持续了六个世纪，直到死亡人数变得过高。
比赛到1994年才停止。
1700年，有人提议在城堡中安装复杂的管道系统。
这威胁到密室的保密性，迫使
斯莱特林学生、
萨拉查·斯莱特林 和
帕瑟尔茅斯的后代
考文努斯·冈特
将密室的入口隐藏在二楼女孩浴室的管道装置和水槽后面，因此只有斯莱特林未来的继承人才会知道如何打开密室。
近期历史
1926年，《预言家日报》报道说，为了应对盖勒特·格林德沃对全球巫师战争的影响，霍格沃茨的安全措施不得不加强。
采取的措施包括校长阿曼多·迪佩特召开紧急会议，忧心忡忡的家长和学生提前回家。
托奎尔·特拉弗斯和特修斯·斯卡曼德来到这里，找到了现任的黑魔法防御术教师阿不思·邓布利多，并和他谈论了格林德沃和他的计划。
不久之后，莉塔在霍格沃茨闲逛，追忆过去。邓布利多找到了她，他们谈论失去兄弟姐妹的共同创伤。
纽特·斯卡曼德，蒂娜·戈德斯坦恩，
忒修斯·斯卡曼德，托基尔·特拉弗斯，鲁道夫·斯皮尔曼，纳吉尼，
雅各布·科瓦尔斯基，尤瑟夫·卡马，
还有一个身份不明的魔法部人员回来跟阿不思·邓布利多谈论格林德沃。
1942年，当密室被打开时，学校的存在受到了两次威胁，第一次被汤姆·里德尔打开，他是萨拉查·斯莱特林的继承人，也是未来的伏地魔。
密室打开后，一名叫桃金娘的女孩被密室中的怪物杀害，魔法部威胁关闭学校。
汤姆·里德尔害怕他从此返回麻瓜孤儿院，他没有想到要学校关闭，因此他嫁祸于三年级学生鲁伯·海格和鲁伯·海格养的八眼巨蜘蛛阿拉戈克，导致鲁伯·海格被开除，汤姆·里德尔也因此获得学校的特殊贡献奖。
1970年，在持续了11年的第一次巫师战争期间，由于阿不思·邓布利多的存在，霍格沃茨城堡也许是魔法王国中唯一安全的避风港。
阿不思·邓布利多当上了校长，是伏地魔唯一害怕的人。
在那段时间里，斯内普、卢平、
小天狼星布莱克、小矮星彼得、
莉莉·波特和詹姆·波特都在霍格沃茨上学。
1970年末，伏地魔几乎完成了统治。
当魔法部竭尽全力与巫师界进行斗争并保守秘密的时候，真正对他进行抵抗的是邓布利多自己创立的一个叫做凤凰社的地下组织。
几个以前在学校的学生继续加入了这个组织。
1981-1982学年的万圣节前夕，伏地魔垮台的消息会传到学校，他企图谋杀年幼的哈利·波特未遂，之后学生和教职员都在庆祝黑魔王的垮台。
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