序章

公元2188年，历经了无数次被选召的孩子与邪恶势力之间的激烈交锋后，数码世界迎来了它最为严峻的考验。就在这一年，承载着数码世界根基的数码核心源轰然破碎，随之而来的次元时空波动使得整个数码世界陷入了一片混乱。面对突如其来的变故，众多数码兽不得不踏上旅途，在浩瀚无垠的宇宙中寻找新的栖身之所。

公元2478年，数码兽们已悄然适应了宇宙的生活节奏。然而，在这宁静之下，一股曾被孩子们合力封印的黑暗势力趁虚而入，企图卷土重来。关键时刻，五位强大的超究极体数码兽挺身而出，联手将这股邪恶力量再度封印，这一次，它们被囚禁于遥远而又深邃的宇宙黑洞之中，那里被赋予了一个令人畏惧的名字——暗黑深渊。

公元2579年，地球的一名工作人员不慎犯下了一个致命错误——未能及时为数百年前发现的关键能量体充能。这一疏忽造成了灾难性的后果，地球的核心系统因此崩溃，随之而来的是一道可怕的时空裂缝轰然开启。

公元2580年，科学家们合力完成了时空裂缝的修补工作。然而，在那决定性的瞬间，正当最后一丝裂痕被缓缓抹平之际，一个意外发生了——一位十一岁的孩童竟离奇失踪了，时间点正是发生在修补好的那1分钟，从空间中瞬间消失。